Откроем файл engine/inc/makethumb.php и в самом конце найдем строки:

$watermark_x = $image_width - $margin - $watermark_width;
$watermark_y = $image_height - $margin - $watermark_height;

Как видите это простая математика, где задаются $watermark_x — координата верхнего левого угла водяного знака по ширине относительно края картинки, $watermark_y — координата той же точки по высоте, $margin — отступ, который можно задать чуть выше в строке $margin = 7;.
Соответственно $image_width и $image_height — ширина и высота загружаемой картинки, а
$watermark_width и $watermark_height — ширина и высота накладываемого знака. Изменяя эти параметры можно ставить водяной знак почти где угодно.

Пример:

$watermark_x = $image_width - $margin - $watermark_width;
$watermark_y = $margin;